Page personnelle de Sabine Bouguet-Bonnet

 

Post-doc (octobre 2004 - février 2006)

stage post-doctoral dans le département de physiologie et biophysique de l'école de Médecine à Cleveland
équipe de Matthias Buck, Case Western Reserve University, Cleveland, Ohio, USA

Sujet: étude de la petite GTPase Rac1 dans sa forme active, et de son interaction avec le domaine cytoplasmique de la plexin-B1.
Liens: Case Western Reserve University, département de physiologie et biophysique, laboratoire de Matthias Buck.

 

Thèse (2000-2004)

Laboratoire de Méthodologie RMN, FRE-CNRS 2415, université Henri Poincaré, Nancy, France

Sujet: corrélation croisée entre mécanisme dipolaire et anisotropie de déplacement chimique. Dynamique des protéines en solution.Lorem ipsu

Directeur de thèse: M Pierre Mutzenhardt, professeur université H.Poincaré, Nancy I.

Résumé :
Les travaux présentés dans ce mémoire concernent la détermination et l’exploitation des paramètres de relaxation de l’isotope-15 de l’azote dans des protéines enrichies.
La première partie introduit de manière générale les mécanismes de relaxation de spin. Le deuxième chapitre est consacré à la description des méthodes de mesure des paramètres de relaxation dans les protéines. De nouvelles méthodes permettant la mesure du terme de corrélation croisée provenant de l’interférence entre le mécanisme dipolaire (NH) et l’anisotropie de déplacement chimique (csa) de l’azote-15 sont exposées. Le troisième chapitre traite de la manière d’extraire des paramètres de relaxation des informations structurales et dynamiques. L’approche est basée sur une analyse résidu par résidu de la relaxation mesurée à plusieurs valeurs du champ magnétique statique, et s’avère compatible avec la détermination de l’anisotropie globale de réorientation des molécules. L’intérêt d’inclure les paramètres de corrélation croisée est également exposé pour la détermination simultanée du csa et de l’échange chimique.

Manuscrit au format pdf

 

Enseignements

2006 - Université H.Poincaré, Nancy, Maitre de conférences
Départements de Génie Chimie, Génie des Prcoédés et Génie Biologique Agro-Alimentaire de l'IUT Nancy-Brabois.
Enseignements de chimie physique, chimie analytique, bureautique, mathématiques, physique appliquée.

2003-2004 - Université H.Poincaré, Nancy, ATER
Enseignements de chimie physique (premier cycle Sciences de la Vie et Sciences de la Matière), RMN (de la seconde année à la maîtrise), spectrométrie de masse (seconde année Sciences de la Vie), thermodynamique chimique (première année Sciences de la Vie)
Volume horaire : 96h eq. TD/an

2001-2003 - Université H.Poincaré, Nancy, Moniteur de l’enseignement supérieur
Enseignements de chimie physique (premier cycle Sciences de la Vie et Sciences de la Matière), RMN (de la seconde année à la maîtrise),
Volume horaire : 64h eq. TD/an

2000-2001 - Ecole Nationale Supérieure des Industries Chimiques (ENSIC), Nancy, Moniteur de l’enseignement supérieur
Travaux pratiques de chimie physique
Volume horaire : 64h eq. TD/an

1997-2000 - Université Henri Poincaré, Nancy, Tutorat auprès des étudiants de 1ere année
Enseignements de physique
Volume horaire : 60h/an

1. S.Bouguet-Bonnet, M.Rochd, P.Mutzenhardt, M.Henry
Total assignment of 1H and 13C NMR spectra of three triterpene saponins from roots of Silene vulgaris (Moench) Garcke.
Magn. Reson. Chem., 2002, 40, 618-621

2. S.Leclerc, S.Bouguet-Bonnet, P.Mutzenhardt, J.Brondeau, D.Canet
Simulation of radio-frequency field inhomogeneity effects. Application to pulse trains aimed at the determination of csa-dipolar interference terms.
Magn. Reson. Chem., 2003, 41, 769-775

3. D.Canet, S.Bouguer-Bonnet, P.Mutzenhardt
On the Calculation of Cross-Correlation Spectral Density Functions Within the Model-Free Approach
Concepts Magn. Reson. A, 2003, 19, 65-70

4. S.Bouguet-Bonnet, P.Mutzenhardt, D.Canet
An alternative spin-state-selective pulse sequence element
Magn. Reson. Chem., 2003, 41, 1030-1033

5. S.Bouguet-Bonnet, P.Mutzenhardt, D.Canet,
Measurement of 15N csa/dipolar cross-correlation rates by means of Spin State Selective experiments.
J. Biomol. NMR, 2004, 30, 133-142

6. S.Bouguet-Bonnet, P.Mutzenhardt, C.Roumestand, D.Canet
The concept of effective correlation times for describing backbone motions in proteins. Part. 1: A residue-per-residue self-consistent analysis of multifield 15N relaxation parameters.
Concepts Magn. Reson., 2005, 24A, 1-9

7. S.Bouguet-Bonnet, P.Mutzenhardt, C.Roumestand, D.Canet
The concept of effective correlation times for describing backbone motions in proteins. Part. 2: Tentative interpretation of the residue-specific correlation time in terms of overall rotation-diffusion.
Concepts Magn. Reson., 2005, 24A, 10-16

8. S.Bouguet-Bonnet, S.Leclerc, P.Mutzenhardt, D.Canet
HMBC-like experiment based on longitudinal csa/dipolar cross-correlation.
J.Magn.Reson., 2005, 173, 29-33

9. M.Buck, S.Bouguet-Bonnet, R.W.Pastor, A.D.MacKerell
Importance of the CMAP correction to the CHARMM22 Protein Force Field: dynamics of hen lysozyme.
Biophys. J., 2006, 90, 36-38

10. S.Bouguet-Bonnet, M.Buck
1 H, 15 N, 13 C assignments for the activated form of the small Rho-GTPase Rac1; comparison with the inactive GDP-bound state.
J . Biomol. NMR, 2006, 36 (supplément 5), 51

11. V.Ropars, S.Bouguet-Bonnet, D.Auguin, P.Barthe, D.Canet, C.Roumestand
Unraveling Protein Dynamics through Fast Spectral Density Mapping.
J. Biomol. NMR, 2007, 37 (3), 159-177

12. N.Coudevylle, M.Antoine, S.Bouguet-Bonnet, P.Mutzenhardt, S.Boschi-Muller, G.Branlant, M.-T.Cung
Solution structure and backbone dynamic of the reduced form and an oxidized form of E. coli Methionine Sulfoxide Reductase A (MsrA): structural insight of the MsrA catalytic cycle.
J. Mol. Biol., 2007, 366 , 193-206

13. D.Canet, S.Bouguet-Bonnet, C.Aroulanda, F.Reineri
About long-lived nuclear spin states involved in parahydrogenated molecules.
J. Am. Chem. Soc., 2007, 129 , 1445-1449

CV détaillé au format pdf

Cours et TD de RMN (Initiation à la RMN du proton et du carbone-13):
          - Cours 1 Introduction aux principes de la RMN
          - Cours 2 Déplacement chimique
          - Cours 3 Couplages scalaires
          - Cours 4

          - Support de cours
          - Polycopié exercices
          - Corrigé des exercices (disponibles à la fin du cours)

          - Spectres du TCA

          Quelques liens utiles:
              http://www.chem.uni-potsdam.de/1hbuch/english/index.html exos généraux (déplacements, couplages, intensités) + spectres 1H
              http://www.nd.edu/~smithgrp/structure/workbook.html spectres 1H et 13C + IR, masse
              http://www.chem.ucla.edu/~webspectra/ spectres 1H, 13C, COSY+ IR

TD de RMN (maîtrise):
          - Support de cours
          - Polycopié exercices


Cours et TD de Spectrométrie de Masse (Initiation):
          - Cours Introduction à la spectrométrie de masse
          - Exemple de l'acétone
          - Exemple de la valérophenone
          - Cours 4

          - Support de cours
          - Polycopié exercices
          - Corrigé des exercices (disponibles à la fin du cours)