Thématiques scientifiques autour de la plateforme de mesures de diffraction
La cristallographie à résolution habituelle permet d'observer la position des atomes dans les molécules à l'état cristallin.
A résolution ultra-haute (0.7–0.3 Å), la cristallographie des rayons X met en évidence la déformation du nuage électronique des atomes due aux liaisons chimiques et aux interactions intermoléculaires.
Seul un modèle d'atome non sphérique permet de prendre en compte ces caractéristiques dans l'affinement.
Les logiciels cristallographiques MoPro (pour l'affinement) et VMoPro (pour le calcul et la visualisation des propriétés électrostatiques dérivées) que nous développons au laboratoire sont basés sur ce formalisme.
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Laplacien et points critiques d'interactions rcp ∇2ρ : indique les régions de concentration et de dilution locales de charges électroniques rcp : L'existence d'un point critique rcp entre deux atomes indique une topologie de type selle autour de lui pour la fonction scalaire ∇ρ et il est la signature de l'interaction entre ces atomes. |
∇2ρ : Laplacien et points critiques de la densité électronique dans la liaison hydrogène NT-H3…OT2 dans le cristal de Ala-Met |
Densité de déformation Δρ Δρ = ρ(Pval,κ, κ;',Plm)- ρ(Pval,1,Plm = 0) |
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Propriétés dérivées de ρ |
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Δρ est la différence entre la densité électronique moléculaire et la superposition des atomes sphériques neutres (IAM, modèle de l'atome indépendant). Cela représente la déformation du nuage électronique du à la liaison chimique et aux interactions moléculaires. |
  Modélisation de la liaison et des paires libres par le modèle de l'atome virtuel |
Ala-Met Potentiel électrostatique 
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Potentiel électrostatique Les maxima (bleus) et les minima (rouges) locaux de V(r) autour de l'enveloppe moléculaire indiquent les régions électrophiles et nucléophiles de la molécule. Aussi, il permet de modéliser l'énergie électrostatique totale qufune molécule B réalise avec son environnement A. |
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